Los balineses son descendientes de emigrantes de Asia Central que llegarían a la isla en torno al 2.500 a.C. Parece ser que el pueblo hindú se estableció allí hacia el 100 a.C.
Desde el siglo VIII Bali estuvo sometida a la influencia de India y Java. Fue a través de comerciantes y viajeros venidos de la India que se introdujo el conocimiento de la religión hindú. No obstante, la influencia mayor del hinduísmo vendría dada por la isla de Java, ya que la con la caída del reino de Madjapahit, debido a la invasión musulmana, muchos religiosos hindúes, nobles, soldados, artistas y artesanos huyeron de Java hacia Bali.
No sería hasta el año 1597 gracias al explorador holandés Cornelius D. Houtman que esta isla sería descubierta para los europeos, aunque ya en 1585 había arribado una embarcación portuguesa a las afueras de la costa de Bukit, resultando en un naufragio del que se salvaron pocos tripulantes.
Los holandeses establecieron allí una colonia comercial, de hecho, la Compañía holandesa de las Indias Orientales empezó a comerciar a partir el siglo XVII.
Con el transcurso del tiempo, y dándose cuenta Holanda del gran potencial de la isla de Bali, trataron de imponer su soberanía a lo que el pueblo balinés siempre respondió con un claro rechazo. Esto llevó a una serie de guerras coloniales que empezaron entre los años 1846 y 1849.
Como resultado, un gran número de batallas cruentas y trágicas, "las puputan", en las que murieron mujeres y niños que también lucharon por defender su tierra y su cultura.
Tras 60 años fue derrotado, finalmente, el pueblo balinés y los holandeses culminaron la conquista.
Sin embargo, Holanda, tras tantas pérdidas de vidas humanas, decidió llevar en su colonia una política de conservación cultural y preservar su identidad lo máximo posible, hasta que el turismo internacional comenzó a llegar a Bali en los años 20 del siglo pasado.
En 1942 la isla de Bali fue ocupada por los japoneses y en 1948 pasa a formar parte de la República de Indonesia Oriental.
